תחילה צריך לבחון היכן רשומים זכויותיו של הנכס- אם המקרקעין רשומים בטאבו, תוגש התביעה לבית המשפט השלום באזור בו הם מצויים, ותתבצע על-פי הוראות חוק המקרקעין, גם אם המדובר במקרקעין ששווים מיליונים. אם המקרקעין רשומים ברשות מקרקעי ישראל (רמ”י) או בחברה קבלנית (משכנת) בלבד, התביעה תוגש לבית המשפט השלום או המחוזי בהתאם לשווי המקרקעין, ותתבצע על-פי הוראות חוק המיטלטלין.

הכלל הינו- מקרקעין בשווי של עד 2 מיליון שקל יטופלו בבית המשפט השלום ובית המשפט המחוזי יטפל במקרקעין ששווים למעלה מזה. מאידך, אם השותף הוא בן משפחה שעמו מבקש הפירוק מסוכסך, הרי שהתביעה תידון בבית המשפט לענייני משפחה, ללא התחשבות בשווי המקרקעין או היכן הם רשומים. הדרך העדיפה לפירוק השיתוף במקרקעין היא חלוקה פיזית של הקרקע בין השותפים, כל עוד אופי הנכס והוראות חוקי התכנון והבנייה מאפשרים זאת. החלוקה הזאת מכונה בחוק “חלוקה בעין” ובית המשפט רשאי, בהתאם לנסיבות, לקבוע תשלומי איזון לשם השוואת חלקיהם הנפרדים של השותפים בנכס קודם החלוקה. לדוגמא- כאשר נדרש פירוק שותפות בשתי דירות בעלות ערך שונה בין שני שותפים בעלי חלקים שווים בדירות. במקרה כזה, כל אחד מהשותפים יקבל דירה אחת והשותף שקיבל את הדירה בעלת הערך הגבוה יותר ישלם בנוסף לשותף השני, עד להשוואת חלקו בנכסים.

במידה והמקרקעין אינם ניתנים לחלוקה פיזית, או במידה וחלוקה כזאת תגרום נזק או הפסד ניכר לאחד השותפים או לכולם, ניתן למכור את הקרקע לצד שלישי. פירוש הדבר, שגם אם אחד מהשותפים למשל הוא רשות מקרקעי ישראל, גם הוא לא יזכה לעדיפות על פני שאר השותפים. ברוב המקרים, יועמד המקרקעין למכירה פומבית על ידי כונס נכסים, תוך חלוקת הפדיון בין השותפים. יחד עם זאת, בית המשפט רשאי להורות על אופן ביצוע המכירה בדרך אחרת שנראית לו יעילה וצודקת יותר. למשל, אם אחד השותפים מעוניין להישאר כבעלים של הנכס ומוכן לשלם שווי שוק או יותר, באופן מיידי, לשאר השותפים. גם כאשר השותפים מעוניינים לבצע תמחור ביניהם, עליהם לשכנע את בית המשפט כי יש מקום לעשות כך מטעמי צדק ויעילות ולהוכיח שהליך המכירה יהיה מהיר יותר, והתמורה לשותפים המבקשים את הפירוק תהיה גבוהה יותר מאשר הליכי כינוס.